ในการตรวจสอบทุจริตที่ผ่านมาของ คตส. เจออุปสรรคปัญหาใหญ่ 3 ประเด็นหลัก คือ
1) ข้าราชการไม่ให้ความร่วมมือด้านข้อมูลในระหว่างการสอบสวน และยึกยักไม่เข้าร้องทุกข์กล่าวโทษ เมื่อ คตส. สรุปสำนวนการสอบสวนแล้วเสร็จ โดยอ้างว่าหน่วยงานไม่ได้รับความเสียหาย คตส. จึงขอให้รัฐบาลออกเป็นมติคณะรัฐมนตรี สั่งการให้หน่วยงานราชการให้ความร่วมมือในด้านข้อมูล และเข้าร้องทุกข์กล่าวโทษ
2) เอกสารหลักฐานสำคัญ เช่น สัญญาโครงการ ที่เป็นภาษาต่างประเทศ ไม่ได้รับความร่วมมือจากกระทรวงการต่างประเทศในการแปลเอกสาร ซึ่ง คตส. ขอให้การทำสัญญากับรัฐต้องสองภาษา คือ ภาษาไทยและภาษาอังกฤษ และให้ยึดฉบับภาษาไทยเป็นหลัก เพราะเมื่อเกิดข้อพิพาทจะไม่ได้มีปัญหาด้านการตีความ
และ 3) คตส.ขอให้รัฐบาลแก้ไขพ.ร.บ.ประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริตพ.ศ.2542 ในมาตรา 66-68 โดยแก้ไขให้ไม่ต้องมีผู้เสียหายมาร้องทุกข์กล่าวโทษในคดีที่มีผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองรกระทำความผิด เพื่อแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นให้สอดคล้องกับความเป็นจริง โดยเสนอการแก้กฎหมายผ่านสภานิติบัญญัติแห่งชาติ เนื่องจากเป็นเรื่องที่สำคัญเร่งด่วนมาก
ซึ่งผลการหารือร่วม 3 ฝ่าย มีเพียงเรื่องการแปลเอกสารภาษาต่างประเทศเท่านั้นที่กระทรวงการต่างประเทศ รับปากจะจัดการให้ แต่ก็ยังไม่แน่ว่า คตส. จะสามารถวางบรรทัดฐานให้การทำสัญญากับรัฐต่อไปจะต้องทำสัญญาเป็น 2 ภาษา และให้ยึดฉบับภาษาไทยเป็นหลักได้หรือไม่ เพราะความจริงแล้วเรื่องนี้เป็นปัญหาในการเข้าถึงข้อมูลมาโดยตลอด และเมื่อเกิดข้อพิพาทยิ่งมีปัญหามากขึ้นโดยเฉพาะการตีความเนื้อหาสัญญาถ้าผลออกมาว่าเอาผิดไม่ได้เพราะไม่มีคนแปลเอกสารคงเป็นเรื่อง ฮา ระดับโลก
